Pada umumnya sekretariat NSO MAPO berperanan sebagai:

1. Menjalankan tugas keurusetiaan bagi semua mesyuarat dan program di bawah Majlis Antipemerdagangan Orang dan Antipenyeludupan Migran dan jawatankuasa-jawankuasa berkaitan.
2. Membantu Majlis Antipemerdagangan Orang dan Antipenyeludupan Migran menyelaraskan pelaksanaan Akta Antipemerdagangan Orang dan Antipenyeludupan Migran 2007.
3. Mengadakan kerjasama dengan badan antarabangsa yang bertanggungjawab dalam isu pemerdagangan orang dan penyeludupan migran.
4. Urusetia Mesyuarat Peringkat Tertinggi dipengerusi oleh Menteri Dalam Negeri yang dijalankan setiap tahun. 
5. Menyelaras program bina upaya/latihan/bengkel bagi jawatankuasa-jawatankuasa di bawah MAPO.