Bahagian Pendaftaran Negara dan Pertubuhan bertanggungjawab mengenai dasar pendaftaran negara dan pendaftaran pertubuhan. Fungsi Bahagian Pendaftaran Negara dan Pertubuhan adalah:

1. Untuk memastikan dasar berkaitan Jabatan Pendaftaran Negara dan Jabatan Pendaftaran Pertubuhan bersesuaian dengan keperluan semasa termasuk menguruskan permohonan kewarganegaraan dan rayuan pendaftaran pertubuhan.
   
   
2. Bahagian Pendaftaran Negara dan Pertubuhan bertanggungjawab mengendalikan dasar, undang-undang serta peraturan yang berkaitan Jabatan Pendaftaran Negara dan Jabatan Pendaftaran Pertubuhan bagi memastikan bersesuaian dengan keperluan semasa negara. Bahagian ini juga berperanan menguruskan permohonan kewarganegaraan Malaysia dan rayuan pendaftaran pertubuhan yang telah dibatal, ditolak atau digantung.